Phaistos war eine bedeutende Siedlung während der Minoischen Kultur. Die Palastanlage wurde jedoch im 15. Jahrhundert v.Chr. durch ein Erdbeben fast vollständig zerstört. Die Stadt wurde teilweise aufgebaut und existierte bis zur Byzantinischen Epoche, obwohl sie ihre mächtige Stellung nicht mehr erreichen konnte.

Der Palast liegt inmitten der fruchtbaren Messara-Ebene auf Kreta. Die erste Palastanlage wurde um 2000 v.Chr., der Legende nach, von König Minos erbaut. Der erste Herrscher sollte sein Bruder Rhadamanthys sein. Nach der Zerstörung durch ein Erdbeben um 1700 v.Chr. baute man den Palast wieder neu auf. Während der Bauarbeiten übernahm die nahe liegende Siedlung Agia Triada die Rolle des Machtzentrums für das Gebiet und nach der Fertigstellung des Palastes von Phaistos blieb sie immer noch eine wichtige religiöse Kultstätte. Erst im 1. Jahrhundert nach dem Krieg gegen Gortys verlor Phaistos seine herausragende Stellung.

Die frühgeschichtliche Siedlung wurde Anfang des 20. Jahrhunderts von dem italienischen Archäologen Federico Halbherr entdeckt. Zu den wichtigsten Funden aus dem Palast zählt der rätselhafte Diskos mit einer bis heute noch nicht entzifferten Schrift.